Từ năm 1864 - năm 1942 (thuộc Hà Lan)

Lịch sử đường sắt Indonesia bắt đầu khi Toàn quyền Đông Ấn Hà Lan bắt đầu xây dựng tuyến đường sắt Semarang - Vorstenlanden (Solo - Yogyakarta) vào ngày 17 tháng 6 năm 1864 với khổ đường sắt 1.435 mm. Sau đó họ đã xây các tuyến mới như tuyến Surabaya - Pasuruan - Malang ở đảo Java, các tuyến đường sắt cũng được xây dựng tại Aceh năm 1876, tại Bắc Sumatera năm 1889, tại Tây Sumatera năm 1891, tại Nam Sumatera năm 1914. Đến năm 1928, tổng chiều dài của đường sắt Indonesia là 7.464 km trong đó có 4.089 km đường sắt do nhà nước quản lý, 3.375 km đường sắt còn lại thuộc các công ty tư nhân.[1]

Từ năm 1942 - 1945 (thuộc Nhật Bản)

Vào năm 1942, Toàn quyền Đông Ấn Hà Lan đầu hàng Đế quốc Nhật Bản vô điều kiện và đường sắt Indonesia được chuyển cho Nhật Bản quản lý. Khi đó công ty đường sắt quốc gia này đã được đổi tên thành Rikuyu Sokyuku. Đường sắt thời này đa số chỉ được dùng để phục vụ cho mục đích chiến tranh.[1]

Từ năm 1945 - nay

Vào ngày 17 tháng 8 năm 1945, sau khi Indonesia tuyên bố độc lập, ngày 28 tháng 9 năm 1945, Indonesia đã tiếp quản lại Trụ sở Đường sắt Indonesia tại Bandung. Việc này đã đánh dấu sự thành lập của Djawatan Kereta Api Republik Indonesia (DKARI). Đến năm 1958, các tuyến đường sắt ở Indonesia đều được quốc hữu hóa gồm cả Deli Spoorweg Maatschappij (DSM) từ đó thành lập nên công ty Perusahaan Negara Kereta Api (PNKA).[2] Sau vài lần chuyển tên thành Perusahaan Jawatan Kereta Api (PJKA)[3] năm 1971 và Perusahaan Umum Kereta Api (Perumka) năm 1991,[4] vào tháng 5 năm 2010, PT Kereta Api Indonesia (Persero). Hiện tại, PT Kereta Api Indonesia có 7 công ty con gồm: PT Reska Multi Usaha, PT Railink, PT Kereta Api Indonesia Commuter Jabodetabek, PT Kereta Api Pariwisata, PT Kereta Api Logistics, PT Kereta Api Correctti Manajemen, PT Pilar Sinergi BUMN Indonesia.[1]

Vào năm 2019, PT Kereta Api Indonesia đã đáp ứng nhu cầu 429 triệu lượt khách và 47,2 triệu tấn hàng hóa.[5]